Setelah lebih dari satu dekade, ChIP-seq mungkin akan menjadi kuantitatif

Setelah lebih dari satu dekade, ChIP-seq mungkin akan menjadi kuantitatif


Newswise – GRAND RAPIDS, Mich. (20 November 2020) – Selama lebih dari satu dekade, para ilmuwan yang mempelajari epigenetik telah menggunakan metode ampuh yang disebut ChIP-seq untuk memetakan perubahan dalam protein dan faktor pengatur penting lainnya di seluruh genom. Sementara ChIP-seq memberikan wawasan yang tak ternilai tentang dasar-dasar kesehatan dan penyakit, ia juga menghadapi tantangan yang membuat frustrasi: hasilnya sering dipandang sebagai kualitatif daripada kuantitatif, membuat interpretasi menjadi sulit.

Tapi, ternyata, ChIP-seq mungkin bersifat kuantitatif selama ini, menurut laporan terbaru yang dipilih sebagai Pilihan Editor dan ditampilkan di sampul majalah. Jurnal Kimia Biologi.

“ChIP-seq adalah tulang punggung penelitian epigenetik. Temuan kami menantang keyakinan bahwa langkah tambahan diperlukan untuk membuatnya kuantitatif, ”kata Brad Dickson, Ph.D., staf ilmuwan di Van Andel Institute dan penulis terkait studi tersebut. “Pendekatan baru kami menyediakan cara untuk mengukur hasil, sehingga membuat ChIP-seq lebih presisi, sambil membiarkan protokol standar tidak tersentuh.”

Upaya sebelumnya untuk mengukur hasil ChIP-seq telah menyebabkan langkah tambahan ditambahkan ke protokol, termasuk penggunaan “spike-in,” yang merupakan aditif yang dirancang untuk menormalkan hasil ChIP-seq dan mengungkapkan perubahan histon yang jika tidak dapat dikaburkan. Langkah-langkah tambahan ini meningkatkan kompleksitas eksperimen sekaligus menambahkan variabel yang dapat mengganggu reproduktifitas. Yang penting, penelitian ini juga mengidentifikasi masalah sensitivitas dalam normalisasi lonjakan yang belum pernah dibahas sebelumnya.

Menggunakan model fisik prediktif, Dickson dan rekan-rekannya mengembangkan pendekatan baru yang disebut metode sans-spike-in untuk pengurutan ChIP Kuantitatif, atau siQ-ChIP. Hal ini memungkinkan peneliti untuk mengikuti protokol ChIP-seq standar, menghilangkan kebutuhan akan spike-in, dan juga menguraikan serangkaian pengukuran umum yang harus dilaporkan untuk semua eksperimen ChIP-seq untuk memastikan reproduktifitas serta kuantifikasi.

Dengan memanfaatkan reaksi pengikatan pada langkah imunopresipitasi, siQ-ChIP mendefinisikan skala fisik untuk hasil sekuensing yang memungkinkan perbandingan antar eksperimen. Skala kuantitatif didasarkan pada isoterm pengikat produk imunopresipitasi.

Penulis termasuk Rochelle L. Tiedemann, Ph.D., Alison A. Chomiak, Ph.D., Robert M. Vaughan dan Scott B. Rothbart, Ph.D., dari Van Andel Institute; dan Evan M. Cornett, Ph.D., dari Fakultas Kedokteran Universitas Indiana. Fasilitas Van Andel Institute Genomics Core dan High-Performance Computing juga mendukung pekerjaan ini.

Penelitian yang dilaporkan dalam publikasi ini didukung oleh Van Andel Institute; Institut Nasional Ilmu Kedokteran Umum dari Institut Kesehatan Nasional di bawah penghargaan no. R35GM124736 (Rothbart); Institut Kanker Nasional dari Institut Kesehatan Nasional di bawah penghargaan no. F32CA225043 (Chomiak) dan no. F99CA245821 (Vaughan); dan American Cancer Society – Michigan Research Fund di bawah penghargaan no. PF-16-245-01-DMC (Tiedemann). Konten tersebut sepenuhnya menjadi tanggung jawab penulis dan tidak selalu mewakili pandangan resmi dari organisasi pemberi.

###

TENTANG VAN ANDEL INSTITUTE
Van Andel Institute (VAI) berkomitmen untuk meningkatkan kesehatan dan meningkatkan kehidupan generasi sekarang dan masa depan melalui penelitian biomedis mutakhir dan persembahan pendidikan yang inovatif. Didirikan di Grand Rapids, Michigan, pada tahun 1996 oleh keluarga Van Andel, VAI sekarang menjadi rumah bagi lebih dari 400 ilmuwan, pendidik, dan staf pendukung, yang bekerja dengan semakin banyak kolaborator nasional dan internasional untuk mendorong penemuan. Ilmuwan Institut mempelajari asal mula kanker, Parkinson dan penyakit lain dan menerjemahkan temuan mereka ke dalam terobosan strategi pencegahan dan pengobatan. Pendidik kami mengembangkan pendekatan berbasis penyelidikan untuk pendidikan K-12 guna membantu siswa dan guru mempersiapkan generasi pemecah masalah berikutnya, sementara Sekolah Pascasarjana kami menawarkan gelar Ph.D. Program dalam biologi molekuler dan seluler. Pelajari lebih lanjut di vai.org.


Diposting Oleh : https://totohk.co/

About the author