Meningkatkan situs web analisis genom

Meningkatkan situs web analisis genom


Newswise – Sebuah situs web yang digunakan oleh lebih dari 20.000 ilmuwan untuk menganalisis data genom mereka mendapatkan peningkatan, berkat hibah Institut Kesehatan Nasional senilai hampir $ 870.000 selama empat tahun.

Profesor Xijin Ge dari Departemen Matematika dan Statistik SDSU mengembangkan alat ekspresi dan jalur yang terintegrasi, yang dikenal sebagai iDEP, untuk membantu para peneliti menguraikan data urutan RNA mereka. Website gratisnya, http://bioinformatics.sdstate.edu/idep, sudah tersedia sejak 2017.

“Saya mengkhususkan diri pada bioinformatika, bidang yang relatif baru yang berfokus pada analisis data genomik,” jelas Ge. “Ahli biologi hari ini dibanjiri dengan data. Kurangnya akses ke bioinformaticians merupakan penghalang penting bagi banyak peneliti, terutama di institusi dengan sumber daya terbatas. Sasaran kami adalah memberdayakan ahli biologi untuk menganalisis data mereka sendiri, secara interaktif dan dapat direproduksi. “

Situs iDEP memungkinkan para peneliti untuk memvisualisasikan perubahan dalam ekspresi gen, yang berarti RNA yang mengkode protein, berdasarkan berbagai kondisi eksperimental. Perbandingan ini dapat memberi tahu seorang ilmuwan, misalnya, bagaimana jaringan tumbuhan merespons kekeringan.

Bagaimana iDEP dimulai

Awalnya, Ge mengembangkan iDEP untuk peneliti SDSU yang ingin menganalisis data urutan RNA dari kedelai. Untuk memenuhi permintaan mereka, dia menulis kode untuk melakukan analisis statistik dan menghasilkan interpretasi visual dari data ekspresi gen.

Beberapa bulan kemudian, dia mendapat permintaan serupa dari peneliti SDSU yang menangani tikus. “Saya mengubah kode sedikit dan memberikan hasilnya kepada kelompok peneliti kedua,” katanya. “Saya menyadari bahwa basis kode yang sama dapat menguntungkan banyak orang lain – itulah titik awal untuk proyek ini.”

Ge menggunakan Shiny, paket perangkat lunak dalam bahasa R ahli statistik, untuk membangun halaman web interaktif yang mengirimkan analitik data. Dia kemudian bekerja dengan Office of Research Computing untuk mentransfer kode dan menghosting iDEP di server universitas, menggunakan fasilitas komputasi berkinerja tinggi.

“Kami membuatnya kuat namun mudah digunakan,” kata Ge. “Situs ini menawarkan, tidak hanya analitik, tetapi juga data anotasi yang telah dikompilasi sebelumnya, yang penting untuk interpretasi data genom.” Melalui antarmuka web, peneliti dapat mengakses data anotasi untuk lebih dari 2.500 spesies organisme.

“Para ilmuwan bisa mendapatkan lebih banyak hasil per klik daripada di situs web lain,” kata Ge, mencatat para peneliti dapat menghasilkan 30 hingga 40 grafik berbeda untuk memvisualisasikan interaksi gen, baik itu dari bakteri, tumbuhan, hewan, atau jaringan manusia.

Memperbarui situs web

Tim SDSU akan melakukan perbaikan substansial pada situs web melalui hibah NIH R01, yang memungkinkannya untuk mengajukan penghargaan lanjutan selama tahun terakhir proyek. “Kami akan mengubah prototipe menjadi alat bioinformatika yang matang,” kata Ge.

Dia akan menyewa pengembang perangkat lunak untuk membantu menulis ulang kode dan setidaknya dua mahasiswa pascasarjana akan mengerjakan proyek tersebut. Lebih lanjut, Ge berkata, “Selain saran pengguna, kami memiliki banyak ide, termasuk penginstalan lokal dan laporan otomatis.”

Ge dan timnya juga akan meningkatkan jumlah basis data urutan RNA yang dapat digunakan peneliti untuk membandingkan hasilnya. Selain itu, rekan penelitian pascadoktoral akan memelihara database dan menyediakan jangkauan dan dukungan pelanggan.

“Ini akan seperti menjalankan bisnis kecil, sampai batas tertentu — dan kami ingin menggunakan situs web itu sendiri untuk melakukan penelitian juga,” Ge menyimpulkan.


Diposting Oleh : https://singaporeprize.co/

About the author